Manet dilahirkan pada 20 Oktober 1977 di Kampung Koh Thmar, Daerah Memot, Wilayah Kampong Cham di Kampuchea Demokratik diperintah Khmer Rouge sebagai anak kedua Hun Sen dan Bun Rany. Pada malam kelahirannya, cahaya terang dikatakan berterbangan di atas bumbung rumah, dengan Hun Sen percaya anaknya dilahirkan daripada makhluk ghaib yang disembah di Kampung Koh Thmar.[8]

Manet dibesarkan dan menerima pendidikan amnya di Phnom Penh, dan kemudiannya menyertai Angkatan Bersenjata Diraja Kemboja (RCAF) pada tahun 1995, dan pada tahun sama, memasuki Akademi Tentera Amerika Syarikat di West Point. Setelah menerima diplomanya pada Mei 1999, beliau menjadi graduan pertama akademi Kemboja, dan salah seorang daripada tujuh kadet asing yang menamatkan pengajian pada tahun itu.[2] Selepas tamat pengajian dari West Point, beliau menerima ijazah sarjana muda dalam bidang ekonomi dan komisen sebagai Leftenan dalam Tentera Diraja Kemboja. Beliau juga menerima Sarjana Sastera dalam bidang ekonomi di Universiti New York, pada 2002, dan PhD dalam bidang ekonomi dari Universiti Bristol, United Kingdom pada 2009.[9]